Agenţia Statelor Unite pentru Dezvoltare Internaţională  este prima organizaţie donatoare a Fundaţiei Est-Europene din Moldova (FEE-M), care a oferit suport Fundaţiei de la crearea acesteia.   FEE-M a primit suport financiar din partea USAID prin intermediul Fundaţiei  Eurasia, fondatorul unic al organizaţiei. Fundaţia Eurasia şi-a început activitatea în Moldova în anul 1993, oferind granturi pentru universităţi, ONG-uri şi alte organizaţii non-profit, având oficiul regional în Kiev. În perioada anilor 1998 – 2010, FE a activat în Moldova în calitate de Reprezentanţa Fundaţiei Eurasia în Moldova (FEM).

După o perioadă de 12 ani de activitate ca reprezentanţă, Fundaţia Eurasia din Moldova s-a alăturat Reţelei Fundaţiei Eurasia, devenind Fundaţia Est-Europeană în Moldova. FEE-M şi-a început activitatea pe data de 1 iunie, 2010. Suportul USAID a fost esențial  pentru procesul de transformare al Reprezentanței Fundației Eurasia  într-o Fundație cu drepturi depline, cu Consiliu de Directori, politici și proceduri bine definite, astfel oferind  organizației noi posibilitatea să-şi desfășoare activitatea conform mandatului său.

Începând cu anul 1993, USAID a oferit mai mult de $6 milioane pentru susţinerea activităţii Fundaţiei Eurasia în Moldova, inclusiv pentru programele FEE-M, care, în mare măsură, au vizat trei domenii prioritare: Dezvoltarea Antreprenoriatului Privat, Consolidarea Societății Civile şi Reforma Administraţie şi Politicilor Publice.